Choreograf i inscenizator. Ukończył Szkołę Baletową w rodzinnym Gdańsku i zaangażował się do Polskiego Teatru Tańca w Poznaniu (1975). Pracował tam z Conradem Drzewieckim, zdobywając pozycję jednej z czołowych młodych indywidualności artystycznych zespołu. Po czterech latach przeniósł się do łódzkiego Teatru Wielkiego.

W 1983 roku został solistą Le Ballet de l'Opéra de Lyon we Francji, z którym tańczył m.in. w baletach Gray'a Veredona, Hansa van Manena, Kurta Joossa i innych. W latach 1985-95 występował z kolei w Het Nationale Ballet (Holenderskim Balecie Narodowym), współpracując z takimi znanymi choreografami, jak: Carolyn Carlson, Nils Christie, Rudi van Dantzig, Nacho Duato, Jan Linkens, Eduard Lock, Hans van Manen, Maguy Marin, Toer van Schayk, Nina Wiener i Peter Wright. Wykonywał partie solowe w baletach klasycznych i neoklasycznych oraz w choreografiach tańca współczesnego.

Swoją pierwszą choreografię stworzył w 1986 roku na Międzynarodową Galę Baletową w Łodzi. Po zrealizowaniu kilku baletów do programów warsztatowych Het Nationale Ballet, w 1992 roku wystawił z sukcesem balet Szostakowicz – Symfonia kameralna, który wszedł do głównego repertuaru tego zespołu. Od 1995 roku zajmował się pracą choreograficzną jako wolny strzelec. W sezonie 1997/98 związał się jako choreograf z zespołem Washington Ballet, a w sezonie 1998/99 z Het NationaleBallet. Od tamtej pory zasłynął jako choreograf na arenie międzynarodowej, przygotowując prawie 50 baletów, w tym cieszące się uznaniem: Do Not Go Gentle... oraz In Light and Shadow, zrealizowane z rozmachem, pełnospektaklowe przedstawienia: Kurt Weill, Acid City, Don Giovanni, Tristan i Niebezpieczne związki, a także Symfonię fantastyczną dla Baletu Australijskiego.

W 1995 roku jego duet Detail IV zdobył Złotą Nagrodę Choreograficzną na Międzynarodowym Konkursie Baletowym w Helsinkach. W 2000 roku artysta otrzymał Medal 200-lecia Polskiego Baletu od naszego Ministerstwa Kultury oraz Nagrodę Choreograficzną holenderskiej Fundacji Dansersfonds '79. Jego prace: Do Not Go Gentle... (2000) i Kurt Weill (2001) zostały uznane w Holandii za wydarzenia artystyczne tamtych sezonów i jako takie prezentowano je w ramach Holenderskich Dni Tańca. W 2001 roku jego ambitny i prowokujący spektakl Kurt Weill był także nominowany w moskiewskim Teatrze Bolszoj do prestiżowej międzynarodowej Nagrody „Benois de la Danse” w aż trzech kategoriach.

W styczniu 2003 roku Krzysztof Pastor został mianowany etatowym choreografem Het Nationale Ballet, dzieląc odtąd tę pozycję z Hansem van Manenem. Potem stworzył tam m.in. balety Si después de morir i Voice, którego premiera miała miejsce na Holland Festival 2004, Don Giovanniego oraz Crossing Paths, Suite for Two i Visions at Dusk. W grudniu 2007 roku moskiewski Balet Bolszoj zaprosił go do współpracy z jego czołową gwiazdą Svetlaną Zakharovą, dla której zrealizował duet ze swojego Tristana i solo z baletu Voice. W maju 2008 roku zaprezentował w Edynburgu nową, oryginalną wersję Romea i Julii Prokofiewa z zespołem Scottish Ballet, a jego choreografie Moving Rooms (2008) i Szeherezady (2009), przygotowane specjalnie na Holland Festival, miały swoje premiery w wykonaniu Het Nationale Ballet. Jego ostatnimi pracami w Amsterdamie były: Dumbarton Dances (2009) i Nijinsky – Dancer, Clown, God (2010).

Oprócz pracy dla Het Nationale Ballet, wystawiał balety dla wielu zespołów w innych krajach, m.in. dla Królewskiego Baletu Szwedzkiego, Baletu Bolszoj w Moskwie, Baletu Szkockiego, Washington Ballet, Baletu Opery Drezdeńskiej, Baletu Izraelskiego, Królewskiego Baletu Flamandzkiego, Baletu Opery Narodowej w Warszawie (Trzecia symfonia Góreckiego, 1994), Narodowego Baletu Litwy, Narodowego Baletu Łotwy, Donau Ballet, Narodowego Baletu Węgier, Teatru Narodowego w Brnie, Państwowego Baletu w Ankarze, Australian Ballet, West Australian Ballet, Royal New Zealand Ballet i Hong Kong Ballet. Tworzył też kameralne formy choreograficzne specjalnie dla wybranych solistów baletu.

Jego prace pojawiały się w programach znanych festiwali: Holland Festival, Holland Dance Festival i Edinburgh Festival, a także na międzynarodowych konkursach baletowych, zyskując wysokie oceny krytyki i uznanie publiczności. Były też pokazywane przez Het Nationale Ballet podczas tournée po Holandii, Francji, Kanadzie i Wielkiej Brytanii, zaś Australian Ballet w 2008 roku przywiózł jego Symfonię fantastyczną na swoje prestiżowe występy gościnne do Paryża. Artysta był również zapraszany jako juror Międzynarodowego Konkursu Choreograficznego w Groningen, Konkursu Eurowizji dla Młodych Tancerzy w Warszawie, Międzynarodowego Konkursu Baletowego w Nowym Jorku i Ogólnopolskiego Konkursu Tańca w Gdańsku.

Po latach nieobecności twórczej w kraju Krzysztof Pastor został zaproszony do Teatru Wielkiego – Opery Narodowej, by zrealizować na warszawskiej scenie swojego Tristana z muzyką Richarda Wagnera. W następstwie pierwszych wizyt choreografa w Warszawie, dyrektor Waldemar Dąbrowski złożył mu propozycję objęcia dyrekcji baletu Opery Narodowej, z założeniem nadania zespołowi samodzielności artystycznej i podniesienia jego pozycji w Teatrze Wielkim do rangi Polskiego Baletu Narodowego. Artysta objął tę funkcję 18 marca 2009 roku, zachowując nadal swoje obowiązki choreografa-rezydenta Het Nationale Ballet w Amsterdamie. Od tej pory wystawił już w Warszawie swoje wcześniejsze balety: Kurt Weill (2009) oraz In Light and Shadow (2010), a także zrealizował nowe przedstawienie I przejdą deszcze... (2011).

W 2010 roku Krzysztof Pastor otrzymał prestiżową Statuetkę Terpsychory, przyznaną mu przez ZASP w uznaniu osiągnięć artystycznych. Z kolei, w 2011 roku minister kultury i dziedzictwa narodowego wyróżnił go Złotym Medalem „Zasłużony Kulturze – Gloria Artis” za dorobek choreograficzny na scenach świata oraz za wysiłki artystyczne i organizacyjne dla podnoszenia prestiżu sztuki baletowej w naszym kraju.